Σε κάθε Τμήμα των Α.Ε.Ι. μπορούν να λειτουργούν Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.M.Σ.) που ιδρύονται με απόφαση της Γενικής Συνέλευσης σε Ειδική Σύνθεση (Γ.Σ.E.Σ.), την οποία εγκρίνει η Σύγκλητος του Πανεπιστημίου σε ειδική σύνθεση και ο Υπουργός Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων. Για τη λειτουργία κάθε Π.Μ.Σ. αρμόδια είναι η αντίστοιχη Συντονιστική Επιτροπή και η Γενική Συνέλευση σε Ειδική Σύνθεση (Γ.Σ.E.Σ.).